HPE abbraccia gli studi scientifici in ambito genomico con la startup biotech Jungla

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Grazie alle capacità di HPE Memory-Driven Computing Sandbox e ai data set di Jungla, sarà possibile incrementare la chiarezza e l’utilità dei test clinici genetici e genomici

Da tempo HPE sta studiando, sperimentando e lanciando sul mercato ‘strumenti’ che vanno nella direzione di portare benefici a livello medico e sono volti a incentivare gli studi scientifici per la soluzione o la conoscenza di malattie degenerative. Con HPE Blue Brain 5, la società lanciò proprio questa estate il supercomputer che approfondisse il cervello umano e portò avanti il progetto con l’Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL) nell’ambito di Blue Brain Project, un’iniziativa svizzera di ricerca sul cervello. In particolare l’EPFL coinvolse HPE la quale realizzò il supercomputer denominato appunto Blue Brain 5 basato sul sistema HPE SGI 8600, installato presso il Centro nazionale di supercalcolo svizzero (CSCS) a Lugano.

HPE SGI 8600

Il legame tra scienza, medicina e tecnologia è sempre più stretto e porta diverse aziende del comparto tecnologico a sperimentare e siglare partnership con il mondo accademico e scientifico al fine proprio di trovare un gancio verso la soluzione di alcuni grandi ‘mali’ del mondo. In questi giorni, a Madrid, HPE ha annunciato una partnership che, in un certo senso, va sulla stessa linea d’onda del supercomputer. Questa volta la società del supercomputer ha abbracciato una startup, Jungla, specializzata in biotecnologie e intelligenza artificiale. La sequenza completa del genoma di un paziente, che descrive le variazioni prodotte da migliaia di geni, rappresenta circa cinque GB di informazioni; tuttavia, i dati provenienti dai workflow di Jungla possono richiedere l’elaborazione di oltre 40 TB di informazioni per un singolo gene.

Grazie alle capacità di HPE Memory-Driven Computing Sandbox e ai data set di Jungla, sarà possibile incrementare la chiarezza e l’utilità dei test clinici genetici e genomici. Per concretizzare l’operato di Jungla verso la creazione di un engine dedicato agli insight genomici, HPE ha caricato l’enorme data set di Jungla sui 48 TB del proprio Memory-Driven Computing Sandbox, introdotto nel giugno 2018. Con il Memory-Driven Computing Sandbox, il sistema MEP di Jungla ha registrato miglioramenti in performance di circa 250 volte nelle analisi molecolari ad alta risoluzione rispetto all’hardware tradizionale.

Decodificare il primo genoma umano ha richiesto 2,7 miliardi di dollari e 15 anni di tempo. Importanti progressi nelle tecnologie hanno successivamente portato i costi del sequenziamento del genoma a meno di mille dollari, trasformando in realtà la possibilità di ottenere analisi personali del genoma in modo accessibile a livello globale. Questo rende possibile ottenere indicazioni dai dati genomici dei pazienti all’interno dell’ambito clinico, un passo essenziale per concretizzare la promessa di una sanità accessibile e su misura rispetto alle esigenze individuali di ogni paziente: la medicina di precisione. Ciò consentirà ai ricercatori di andare ancora più a fondo a domande del tipo: “Qual è il collegamento fra i tre miliardi di coppie di basi che compongono il genoma umano e il benessere dell’individuo? Oppure Qual è l’influsso della variazione del genoma sulla possibilità di sviluppare un tumore o una malattia cardiovascolare?”.

Antonio Neri, nuovo Ceo HPE da febbraio 2018

La Molecular Evidence Platform (MEP) di Jungla permette agli scienziati di studiare gli effetti delle varianti sui sistemi biologici su vasta scala e tradurre i relativi insight nella pratica medica. Questa piattaforma integrata fornisce a pazienti e operatori sanitari un supporto per interpretare i risultati dei test genetici e genomici. Jungla fa evolvere la MEP con l’integrazione di approcci sempre più automatizzati, comprese analisi molecolari ad alta risoluzione, che possono rivelare come le variazioni nel genoma alterino le celle, come nel caso dei danni al DNA che possono condurre al cancro.

Oltre al lavoro svolto con Jungla, il team di HPE sta collaborando con i ricercatori di medicina clinica e scienze della vita facenti capo al Living Heart Project e al Centro tedesco per le Malattie Neurodegenerative (DZNE) per esplorare le potenzialità della tecnologia nel trasformare molteplici aree delle scienze della vita. Ognuna di queste community di ricercatori sta indagando nuovi approcci verso la scienza della salute per trovare risposte nascoste in piena vista andando oltre i silos delle discipline scientifiche e l’inadeguatezza dell’infrastruttura computazionale su vasta scala tradizionale.

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